Часть Занеглименья, местности к северо-западу от Кремля, где была построена церковь Антипия, называлась Чертолье или Черторье. В разные годы церковь фигурирует в документах как церковь «у Больших конюшен», «что в Чертолье», «что у Государевых больших конюшен», «на Ленивом торжке у старых конюшен».

История строительства церкви

Самое раннее упоминание церкви относится к 1530 году, но каменное здание было возведено в третьей четверти XVI века. Государев Конюшенный двор (позднее — Колымажный) находился с западной стороны церкви. Церковь Антипия имела два придела: главный был освящён во имя священномученика Антипы Пергамского, а малый, в южной апсиде, — во имя Григория Декаполита.

По преданию, в церкви венчался Иван Грозный с одной из своих жён. Царь почитал священномученика Антипу, а среди его родовых святынь хранился зуб святого «Онтипия Великого», оправленный в серебро. В церкви находится фамильный склеп представителей семейства Скуратовых. В 1627 году у церкви был погребён Дмитрий Скуратов — правнук Ивана Скуратова, брата Малюты. Один из приделов посвящён Григорию Декаполиту, поэтому существует мнение, что либо Малюта Скуратов , либо кто-то из его родных принимали участие в строительстве храма.

XVIII — начало XX века

В 1737 году здание пострадало во время Великого пожара Москвы. 9 февраля 1739 года было получено разрешение на строительство нового придела Николая Чудотворца на средства князя Сергея Голицына. В 1741 году, по окончании строительства, 4 мая новый придел был освящён. А в 1773 году у храма появился ещё один придел — великомученицы Екатерины.

Среди прихожан церкви числился князь Степан Борисович Куракин, основатель и первый матадор московского Английского клуба, представители дворянских родов: Лопухиных, Апраксиных, Оболенских. В 1813 году в приходе церкви состоял генерал-майор Алексей Тимофеевич Тутолмин. В начале XX века в приходе проживал художник Валентин Серов.

Храм в XX веке

В феврале 1922 года в церкви Патриархом Тихоном был рукоположен в сан диакона будущий священномученик Илья Громогласов. Отец Илья служил в церкви примерно месяц, в марте этого же года его арестовали как «участника в совещаниях у Александра Хотовицкого» в связи с делом об изъятии церковных ценностей из храма Христа Спасителя. Возможно, отец Илья после рукоположения в сан иерея проводил богослужения и в этом храме.
Храм закрывался в 1929 году, в нём планировалось разместить неофилологическую библиотеку. Затем здание было передано Центральным художественным курсам Ассоциации художников революции. Здесь были жилые помещения, а позднее — отдел по реставрации тканей и хранение отдела прикладного искусства ГМИИ. В 1950-х годах были разобраны купол и глава придела Николая Угодника.

B 1991 году заново образовалась община храма. И только 25 февраля 2005 года, в день памяти святителя Алексия митрополита московского, храм был наконец передан Русской Православной Церкви. В тот же год началась реставрация церкви, которая продлилась десять лет.