Первое упоминание храма относится к 1475 году. Это был единственный московский храм в честь праздника Похвалы Богородицы. Кроме того, в нём находилась чудотворная икона Святого Николая. В старину храм имел ещё одно имя — «старая проща» — человека, получившего исцеление от иконы, называли «прощенником».
В 1629 году деревянная церковь была уничтожена пожаром, на её месте построили новую — каменную. В те времена местность, где находился храм, носила название «Башмаки». Оно связано с фамилией дворянина Дементия Башмакова, который ещё раз перестроил каменную церковь в 1705 году. В таком виде храм и сохранился до начала XX века: высокий, пятиглавый, с декором в стиле барокко и с редким шестиярусным иконостасом.
Советское время церковь Похвалы Пресвятой Богородицы не пережила — её снесли в 1932 году. На этой территории должны были построить Дворец Советов, но проект не был реализован — вместо него построили бассейн «Москва». Во время археологических раскопок в год разрушения храма была обнаружена могильная плита с именем Малюты Скуратова — известного деятеля 17 века. Надпись на ней сообщала, что здесь лежит Малюта Скуратов, погибший в Ливонской войне. Однако сам скелет не был найден, а местонахождение плиты в настоящее время неизвестно.