Происхождение названия
Некоторые исследователи считают, что «верное название церкви — «в Блинниках», а не «в Клённиках» (от слова клён). Поскольку клёнов у ворот Китай-города тогда быть не могло, а блинами здесь как раз торговали». «Блинники» каким-то образом трансформировались в «Кленники». Есть предположение, что это связано с явлением иконы святого Николая в подмосковной деревне Кленники.
История строительства храма
Первое упоминание о храме датируется 1468-1469 годами. Спустя два века была построена новая каменная церковь рядом с деревянной. Именно она была записана в Строельной книге церковных земель (1657 года), как каменная и одноэтажная. Более современный вид храм обрел к 1701 году. После разрушительного пожара его восстанавливали и в то же время, в 1749 году, возвели колокольню, которой завершилось формирование архитектурного облика церкви.
Храм имеет четыре придела: в верхнем храме — в честь святителя Николая Мирликийского и Казанской иконы Божией Матери, в нижнем храме — в честь Всех святых, в земле Российской просиявших и придел в честь праведного Алексия Московского и священномученика Сергия.
История храма в XX веке
В начале XX века при храме работала церковно-приходская школа. В это время в церкви священником был Алексий Мечёв, прославленный в лике святых Русской православной церкви в 2000 году. Ныне его святые мощи находятся в специально выделенном помещении нижнего храма, доступ к ним открыт в течение дня.
В 1914—1915 годах во дворе храма был построен небольшой двухэтажный домик для причта на средства книгоиздателя Ивана Сытина — в благодарность за разрешение вывести на церковный двор окна принадлежавшего Сытину многоэтажного дома (ныне — Маросейка, № 7/8).
Многократные ремонты сильно изменили фасад церкви. В 1927 году по проекту архитектора-реставратора Дмитрия Сухова были восстановлены наличники окон на южной стороне, а с севера — нижней церкви. Примыкающая с запада палата сохраняла роспись около 1701 года светского характера: орнамент и изображения деревьев. Внутри церковь сохраняла некоторые древние иконы и книги.
Храм был закрыт в 1931 году и вместе с колокольней обезглавлен. В здании церкви сначала разместили склад, а позднее — кабинеты ЦК ВЛКСМ (бухгалтерия).
В декабре 1989 года в храме было восстановлено иконописание. Две иконописные школы, работающие в тесном сотрудничестве в мастерской церкви, послужили основной базой для кафедры иконописи факультета церковных художеств, открывшейся в 1992 году в Православном Свято-Тихоновском гуманитарном университете (ПСТГУ).
18 июля 1990 года храм вернули Русской православной церкви. Первым настоятелем после открытия храма стал иерей Александр Куликов. Были восстановлены главы, кресты и внутреннее убранство.