В 1696 году Данилов монастырь пожертвовал участок своей земли за Серпуховскими воротами для постройки церкви. Каменный храм строился на средства царевича Алексея Петровича. 9 октября 1714 года был освящён нижний храм во имя Иерусалимской иконы Божией Матери с приделами Девяти мучеников Кизических и Алексия, человека Божия. После смерти царевича Алексия поступление средств прекратилось, поэтому строительство церкви было приостановлено. И завершилось оно лишь в июле 1762 года. Храм относился к Замоскворецкому сороку.

В 1830-1840-х годах храм значительно перестраивался. В 1832 году на средства старосты церкви Ремизова была построена новая двухэтажная трапезная с приделами преподобного Сергия Радонежского и святителя Николая, а над открытой прежде лестницей надстроен переход. В том же году была пристроена и высокая трехъярусная колокольня в стиле классицизма. Позже в храме появились новые иконостасы, а над колокольней надстраиваются несколько ярусов в стиле ампир.

В первой половине XX века, а именно — в 1929 году, церковь закрыли, через год разрушили ограду, колокольню и богадельня, а внутри разместили учреждения.
В 1990 году зарегистрирована община верующих Русской православной церкви. Началось возрождение храма. В 1994 году получено свидетельство о регистрации православного детского дома-приюта при храме Вознесения Господня.