Местность, где впоследствии появилась Троицкая слобода, сначала принадлежала селу Напрудному, потом здесь жили переяславские ямщики, а в начале XVII века земля была пожалована Троице-Сергиеву монастырю. Это произошло благодаря указу царя Василия Шуйского в память о героическом стоянии лавры за веру и Отечество в Смутное время польско-литовского разорения. В настоящее время о слободе напоминают названия местных улиц и переулков.
В Троицкой слободе существовала приходская деревянная церковь с приделом во имя Сергия и Никона Радонежского. Она была построена в 1633 году и оставалась деревянной до 1696 года, когда её разобрали и возвели каменную. Новую церковь строили довольно долго — до 1706 года, а датой освящения считается 1708 год.
С 1815 по 1923 годы подворье являлось постоянной резиденцией митрополитов Московских. С 1918 по 1922 годы здесь жил Патриарх Тихон до переезда в Донской монастырь. Сразу после его отъезда, 19 мая 1922 года подворье было упразднено и вскоре передано светским учреждениям.
Сам храм был закрыт в 1924 году, с него сняли кресты и частично демонтировали купола. К Московской олимпиаде Троицкую слободу снесли и около церкви сделали насыпь. Помещение храма были переданы Министерству культуры РСФСР для Московского симфонического оркестра. В 1992 году указом патриарха Московского и всея Руси Алексия II деятельность подворья была возобновлена. 1 мая 1994 года, на Пасху, была совершена первая литургия в центральном приделе Троицкого храма. В том же году на колокольне были установлены колокола. 15 апреля 2000 года патриарх Алексий II совершил великое освящение храма Живоначальной Троицы.
Архитектура храма
Трапезная и основной четверик церкви декорированы окнами с наличниками «нарышкинского барокко», украшенными завитками и гребнями. В то же время восьмерик, венчающий главный храм, построен после обрушения главы в 1726 году и поэтому выдержан в европейском варианте барокко. В дальнейшем внешний облик церкви практически не менялся, за исключением расширения трапезной в 1851 году для создания придела Владимирской иконы Божией Матери. В 1865 году церковь была расписана: на ее сводах появились живописные плафоны со священными изображениями в скульптурных рамах..