Впервые храм был упомянут в 1460 году в духовной грамоте Адриана Ярлыка. Церковь была построена в урочище «Глинище», которое называлось так из-за обилия в почве глины, пригодной для изготовления кирпича и гончарных изделий. Соседние переулки — Большой и Малый Спасоглинищевские — получили свое название благодаря именно этой церкви.

Считается, что в 1657 году церковь была каменной, однако, спустя век, в 1776 году, обветшала и её начали разбирать. Считается, что проект нового храма принадлежал Василию Баженову — известному русскому архитектору, к работам которого относят Большой Кремлевский дворец и Дом Пашкова в Москве. В 1802 году был освящён главный престол церкви — Спаса Преображения. В 1898 году церковь обновлялась, но в ней сохранился первоначальный иконостас и стеная роспись начала XIX века.

Церковь Спаса Преображения была уничтожена в 1931 году. На её месте в 1934-1937 годах был построен Жилой дом жилищного кооператива «Военный строитель» (архитектор А.И. Ефимов).