Первоначально храм имел название Троицкий и упоминался с 1625 года, а уже в 1657 году значился каменным. В 1754 году храм пострадал от пожара и через 4 года был неудачно возобновлён. Вскоре после этого, в 1765 году, по высочайшему указу императрицы Екатерины II церковь разобрали, чтобы построить новую.
Обновленный храм был построен в 1768 году по проекту архитектора Карла Бланка. 11 января 1768 года престол был освящен в память святых чудотворцев и бессребреников Кира и Иоанна, обряд проводился в присутствии императрицы.
Во время Отечественной войны 1812 года храм пострадал и в 1874 году был передан Сербской митрополии для подворья, после чего храм восстановили. В 1892 году при подворье по проекту архитектора Михаила Шуцмана возвели часовню Святого Саввы Сербского. Храм был упомянут в историческом труде Алексея Малиновского «Обозрение Москвы» (1825—1827) при описании церквей Мясницкой части: «Церковь сия высокая, одноглавая, гражданской архитектуры, с пилястрами коринфического ордена; около окон по наружным стенам украшена лепною работою. Колокольня при оной в три яруса, четвероугольная, с ионическими пилястрами».
В советское время, в 1928 году, отец Серафим Битюгов, настоятель храма, по благословению оптинского старца Нектария ушёл в затвор. Последние два священника, Димитрий Крючков и Алексей Козлов, были арестованы. Храм ждала та же судьба, что и многие церкви старой Москвы: он был закрыт, а в 1934 году — разрушен.
В XXI веке на том же месте построили новое кирпичное здание, в котором разместился продуктовый магазин и торговля кухонной мебелью (улица Солянка, 4). Между домами сохранился столб ограды — единственное напоминание о разрушенном храме.